بر اساس سنگ نوشتههای نصب شده در جلوی محراب آن در سال ۱۶۱۱ میلادی به دست بازرگان معروف جلفا، خواجه نظر، ساخته شده و به همین علت هم به کلیسای خواجه معروف است.
در میان کلیساهای جلفای اصفهان کلیسای گئورگ مقدس به علت وجود سنگهای مقدس در آن از اهمیت خاصی برخوردار است. این سنگها به فرمان شاه عباس به اصفهان آورده شدند.پادشاه صفوی که سعی داشت به هر وسیلهای ممکن ارمنیان را در اصفهان نگاه دارد و از اعتقادات عمیق مذهبی آنان نیز مطلع بود، دستور داد تا کلیسای جامع اچمیادزین، را تخریب و سنگهای آن را به اصفهان منتقل کنند و آن کلیسا را مجدداً در جلفا بنا نهند، اما از آنجایی که این کار عملی نبود، تنها پانزده قطعه سنگ از محراب و نقاط مختلف آن کلیسا جدا ساختند و آنها را به اصفهان منتقل کردند. سه قطعه از این سنگها با حجاری صلیب در جلوی محراب و مابقی آنها در صحن شمالی کلیسای گئورگ مقدس قرار داده شدند. از آنجایی که این سنگها برای ارمنیان مقدس هستند از آن زمان به بعد کلیسای گئورگ مقدس تبدیل به زیارتگاه ارمنیان ایران شد.
نظر شما